除了Image J，大家应该还听说过Fij、Image pro plus。如果你不知道这三者该选哪一个作为你的生物图像分析处理软件，不妨看看以下对这三个软件的分析对比。

文末也打包好了这三个软件的安装包，软件功能以及科研应用全套视频教程等，无偿分享给有需要的小伙伴，有需要可以在文末下载。

mage J、Fij、Image pro plus

本文对这三个软件逐一进行了详细的介绍

一、Image J

1、Image J 介绍

基于强大的图片分析与处理功能，Image J在科研中的应用极为广泛。2021年被Nature评为十大影响科学的代码。最关键的，这款软件是完全免费！

ImageJ 是一个基于 java 的公共的图像处理软件，能够显示，编辑，分析，处理，保存，打印 8 位，16 位，32 位的图片， 支持 TIFF，PNG， GIF， JPEG， BMP， DICOM， FITS 等多种格式。

支持图像栈（stack）功能，即在一个窗口里以多线程的形式层叠多个图像， 并行处理。只要内存允许，ImageJ 能打开任意多的图像进行处理。

除了基本的图像操作， 比如缩放，旋转， 扭曲， 平滑处理外，ImageJ 还能进行图片的区域和像素统计，间距，角度计算，能创建柱状图和剖面图，进行傅里叶变换。

Image J能做什么？

1. 免疫组织化学/原位杂交目的区域光密度分析。

2. 共聚焦图像中两种蛋白共定位的程度（相关系数计算）。

3. 免疫荧光图像分析:计数兴趣区大小、阳性点密度、数量，结构长度分析。

4. 高尔基染色的神经元或者共聚焦显微图像中表达EGFP等神经元突起（树突、轴突）长度测量，Sholl分析，突触棘计数。

5. 阳性细胞技术。等等...

Image J的优点是，免费（不用担心知识产权问题），程序小，运行快，操作简单，不断有新的插件加入，非常适用于经费有限的实验室以及初入门的神经科学研究生。

如果只需要一些基础的操作，例如Western Blot条带定量、荧光定量等，推荐大家选择ImageJ。如果基本功能不满足，也可以自行安装其它插件。

小tips：如果需要使用的插件比较多（正好你还是生命科学领域的研究人员），更推荐下面说到的fiji（fiji is just ImageJ），它是ImageJ的版本之一。详细介绍可看下文对fiji的介绍。

2、lmageJ安装

lmageJ可运行于 Microsoft Windows，Mac OS，Mac OS X，Linux，和 Sharp Zaurus PDA 等多种平台。

安装包移步至文末下载。

根据电脑系统选择的安装包，双击安装文件之后开始安装，安装步骤非常简单，这里就不做分享了。

注意，要在预装JAVA的计算机上安装lmageJ。

二、 Fiji

1、fiji介绍

fiji是ImageJ的版本之一，全称为fiji is just ImageJ。fiji就是预装了很多生物医学分析常用插件的ImageJ。如果不想手动安装插件，更推荐你安装fiji。

fiji和ImageJ的区别是：fiji里绑定的命令和插件超过五百个，目标用户是生命科学领域的研究人员，为此捆绑了很多该领域用户会经常用到的插件。而ImageJ需要手动安装插件。

fiji不是一个全新的软件，只是ImageJ的一个针对生命科学用户的发布版本。但是fiji不是ImageJ唯一的发布版本。比如，面向天文学研究人员的SalsaJ，用于显微镜控制和图像获取的µManager等。用一句话概括的话，fiji is just ImageJ， but ImageJ is not just fiji.

fiji is just ImageJ由于预装的插件非常丰富（如神经元追踪、荧光共定位等），所以安装包略大一些，打开速度也会略慢。

另外对于fiji里绑定的超过五百个命令和插件，你不需要记住他们在哪个菜单和子菜单里，只要在搜索栏里输入命令的名字，就可以直接调用。

2、fiji 安装

fiji在macosx、windows（7以及7以上的版本）、Linux (64-bit)上都能使用。

安装包移步至文末下载。

根据自己的电脑系统选择对应的安装包进行解压。

如windows 64位就选择fiji-win64.zip进行解压，解压之后点击ImageJ-win64exe，fiji直接双击就能打开软件使用，没有安装步骤。

注意：下载好安装包之后不要把安装包保存在C盘，同时保存到磁盘的文件夹命名不要出现中文字，否则软件会出现出发打开或者闪退的现象。

3、fiji闪退的解决办法

①可能你的fiji is just ImageJ的储存目录有中文命名的文件夹。就是你解压路径中不包含中文名称目录，并且不要解压在“program files”路径中。

②不要把安装包放在C盘。

③fiji is just ImageJ需要Java环境，如果闪退那么可能是你的电脑Java版本太低。

Java下载地址如下：

Java SE Development Kit：

https://www.oracle.com/java/technologies/downloads/#jdk19-windows

④其它问题可以在官方指南中找答案：

https://Imagej.nih.gov/ij/docs/install/windows.html#trouble

https://Imagej.net/learn/troubleshooting

三、ImageJ和fiji该如何选择？

看完ImageJ和fiji的介绍和对比之后，相信你对于这两个版本该如何选择，心里应该已经有了答案！

如果你是生命科学领域的从业者，选fiji就好了。没有特殊的需求，它绑定的插件足够你使用，之后就不需要你自己再手动安装插件。

什么情况下需要选择ImageJ（ImageJ1.X）？

①ImageJ菜单里的基本功能就能满足你的要求，不需要其他插件，这种情况下可以选择单独的ImageJ（ImageJ1.X）。因为体积比fiji小，它的启动速度也比fiji要快，这也是使用ImageJ的之一。

②有一些早期开发的ImageJ插件，只提供了后缀为.java的文件。这种情况下可以用ImageJ的plugins > compile and run命令将之编译为.class文件，然后再放到fiji里使用。但这种方法也有失灵的时候，这种情况下就只能在ImageJ里使用该插件了。

四、Image pro plus

1、Image pro plus介绍

除了ImageJ和fiji，还有一个Image pro plus。

Image-Pro Plus也是一款用于科学图像处理和分析的软件，它是Image-Pro软件系列的一部分，广泛应用于医学、生物学、材料科学和工程学等领域，可与其他软件和设备进行无缝集成。由于Image-Pro Plus是商业软件，用户需要购买许可证才能使用。文末分享了Image pro plus的pj版安装包免费使用（仅供学习）

Image pro plus的功能包括：

图像增强和校正功能

图像分割和测量工具

图像拼接，图像配准和图像融合，可用于创建全景图像和多模态图像

跟踪和测量运动对象，生成动态图像

直方图分析，图像分类，颜色分析和形状分析等

自动化处理流程和批量处理大量图像数据

Image pro plus可以应用于

合成荧光图片、免疫组化图片光密度测量、凝胶电泳图片的测量、凝胶电泳图片的测量、荧光强度测量、测量鼠脑切片的梗塞面积测量心肌纤维截面积、找两张图片的差异之处、测量划痕实验的细胞间距、测量网状的细胞壁等等

2、Image pro plus安装

解压文件，确保软件所放置的路径里没有中文（既所有文件夹名字里都没有中文，分区名字也没有中文，如有同学喜欢把分区命名为“软件”什么的，改成英文即可），暂时关闭 360 等卫士。以前如果装过 ipp需要先卸载。

打开【ipp6.0】文件夹，双击运行【start】文件

按照默认路径安装(不能修改，一定要按默认安装在c 盘，否则会导致软件不可使用)。选Typical 安装，遇到要填名称和单位的界面，随便填即可。一路next 即可。有部分笔记本电脑(如华硕)会出现EnTech Taiwan 驱动的错误提示，这是电脑触摸板的驱动，点关闭就行。

打开【crack 文件】文件夹，复制里面三个文件，覆盖软件安装路径下（C:\IPWIN60）的文件。

运行【ipwin32】即可打开软件，选complete。

弹出的注册对话框，勾选不再提醒，点remind me later 即可。不用注册(其实已注册)。另一个对话框也是关掉就行。

五、Imagej和Image pro plus的对比和选择

①在标定方面，Image-Pro Plus标定方法及具体操作与Image J无明显差别;

②在ROI选择及基本参数测试方面，Image-Pro Plus的操作选择方式及备选参数数量较Image J丰富;

③在添加插件功能方面，Image J可供下载及利用的插件数量远远多于Image-Pro Plus;

④在操作实现方面，ImagePro Plus的一些常用操作，如ROI选择，参数测试等较Image J复杂。

⑤Image pro plus其实和ImageJ分析的指标都差不多，但是Image pro plus操作起会更复杂，对初学者来说不太实用。

⑥从费用上来说，实验室资金充足完全可以购买Image pro plus这类收费软件。但是相比起来ImageJ的免费使用就更经济实惠。

如何选择？

Image-Pro Plus与Image J均具有强大的图像分析功能。总体来看，更推荐Image J。

①当Image J和Image-Pro Plus基本功能都能满足测试要求时，首选Image J。

②如果图像分割困难，或不想借助插件而能测试较多的参数，推荐Image-Pro Plus为首选图像分析软件。

③如果Image-Pro Plus和Image J软件的基本功能不足以满足具体测试需求，需通过添加插件来扩展功能，或者是直接安装fiji。

以上就是对于Image J、Fij、Image pro plus的详细介绍，希望能对你有所帮助！

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